磷酸酯鍵和高能磷酸鍵在結構上沒什么區(qū)別，只是有些磷酸基所處的環(huán)境導致他不穩(wěn)定，就比如磷酸烯醇式丙酮酸，C2和C3之間有雙鍵，磷酸基連在C2上這是不穩(wěn)定的，容易斷裂放出大量能，而1，6-二磷酸葡萄糖中的磷酸基是連在普通的碳上。
高能磷酸鍵一般有一下幾類：

1.磷酸酐鍵：包括各種多磷酸核苷類化合物，如ADP,ATP等。
2.混合酐鍵：由磷酸與羧酸脫水后形成的酐鍵，主要有1,3-二磷酸甘油酸等化合物。
3.烯醇磷酸鍵：見于磷酸烯醇式丙酮酸中。
4.磷酸胍鍵：見于磷酸肌酸中，是肌肉和腦組織中能量的貯存形式。磷酸肌酸中的高能磷酸鍵不能被直接利用，而必須先將其高能磷酸鍵轉移給ATP，才能供生理活動之需，這一反應過程由肌酸磷酸激酶（CPK）催化完成。